اخیراً سلول‌های بنیادی سرطان که کانون شکل‌گیری این بیماری می‌باشد مورد مطالعه یک تیم پژوهشی ایرانی قرار گرفته است. این تیم تحقیقاتی تمرکز خود را بر روی miRNAهایی قرار داده است که به صورت همزمان ویژگی‌های بنیادینگی و متاستاز را در این سلول‌ها کنترل می‌کنند.
1. لطفاً برای آشنایی خوانندگان با سوابق علمی و پژوهشی تیم تحقیقاتی این پروژه، شرح حال مختصری از خود و همکاران محترمتان ارائه بفرمایید.
بنده عفت علیزاده هستم دکترای بیوتکنولوژی پزشکی و فوق دکترای سلول‌درمانی و ژن‌درمانی چشم و استادیار دانشگاه علوم پزشکی تبریز. زمینه تحقیقاتی اینجانب سلول‌های بنیادی و RNA مداخله‌گر است و در دپارتمان بیوتکنولوژی پزشکی دانشکده علوم نوین پزشکی اشتغال دارم. در این پروژه به عنوان استاد راهنما و مجری طرح فعالیت نمودم. همکار و دوست بسیار ارجمندم سرکار خانم دکتر مرضیه ابراهیمی، دکترای ایمونولوژی و استادیار و مدیرگروه سلول‌های بنیادی سرطان پژوهشگاه رویان هستند که در این پروژه به عنوان استاد راهنمای دوم زحمت بسیار کشیده‌اند و قسمت اعظمی از پروژه با همکاری ایشان در پژوهشگاه رویان تهران انجام گرفت.
دکتر نصرت الله ضرغامی، دکترای بیوشیمی و فوق دکترای بیوتکنولوژی مولکولی و استاد دانشگاه علوم پزشکی تبریز و مدیر دپارتمان ما در دانشکده هستند که ایشان هم در این پروژه به عنوان استاد مشاورکمک کردند.
دکتر علی شریفی زارچی، دکترای کامپیوتر و استادیار دانشگاه شریف که قسمت‌های بیوانفورماتیکی این پروژه با هدایت ایشان انجام گرفت.
مهسا رحیمی، فارغ‌التحصیل کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی پزشکی دانشگاه علوم پزشکی تبریز که دانشجوی مسئول این پروژه بودند و قسمت عظیمی از کار عملی را ایشان انجام دادند و واقعاً دانشجوی بسیار مستعد و کوشایی بودند.
2. شاید واژه ”سلول‌های بنیادی سرطانی” برای عموم جامعه اندکی سوال برانگیز به نظر برسد. لطفاً کمی راجع به ماهیت سلول‌های بنیادی و ویژگی‌های مشترکی که باعث می‌شود بین سرطان و سلول‌های بنیادی ارتباط به‌وجود بیاید، توضیح بفرمائید.
در طول دهه گذشته، یک جمعیت شبه سلول بنیادی در بافت بسیاری از سرطان‌های بدخیم شناسایی شده‌اند. این سلول‌ها به سلول‌های بنیادی سرطان معروف شده و بسیار مورد توجه محققین قرار گرفته‌اند؛ زیرا اعتقاد بر این است که چنین سلول‌هایی مرکز اصلی تومورزایی بوده و هدایت کننده رشد و پیشرفت تومور هستند. بر اساس تحقیقات اخیر، سلول‌های بنیادی سرطان لزوماً از تغییر سلول‌های بنیادی به وجود نمی‌آیند، بلکه ممکن است از سلول‌های پیش‌ساز متعهد و حتی سلول‌های تمایز یافته بافت، ناشی شوند. از آن‌جا که جمعیت سلول‌های بنیادی سرطان هدف بسیار مهمی برای از بین بردن تومور در نظر گرفته شده، تلاش‌های فراوانی در جهت طراحی روش‌هایی که این سلول‌ها را هدف گیری کنند، صورت گرفته است. شناخت مسیرهای تکثیر، خودنوزایی، بقا و تمایز سلول‌های بنیادی طبیعی و بدخیم ممکن است منجر به شناخت بهتر سرطان و یافتن راهکارهای درمانی جدید شود.
3. RNAها مولکول‌هایی هستند که بیشتر با نقش آنها در انتقال اطلاعات شناخته می‌شوند. کمی راجع به miRNAها و نقش‌های تنظیمی آنها توضیح بفرمائید.
توجه بیش از پیش به ساختار و عملکرد miRNAها به علت تأثیر آنها در فرایندهای متنوع تکوینی و فیزیولوژیکی مانند آپوپتوز، ترشح انسولین، خون‌سازی، ریخت‌زایی مغز یا تمایز بافتی، و درگیری آنها در دفاع ایمنی و بیماری‌های ویروسی است و در تنظیم و کنترل بیان ژن‌های مربوط به بسیاری از فرایندهای بیولوژیکی مانند تکثیر و تمایز سلولی، تنظیم سیکل سلولی و متاستاز درگیر هستند. به هر حال عملکرد اصلی آنها برقرار‌کردن و ابقاء حالات تمایز یافته بسیاری از انواع سلول‌ها و مهار سنتز پروتئین در ژن‌های کد‌کننده پروتئین است. علاوه بر سرکوب ترجمه، همچنین گزارش شده‌است که miRNAها می‌توانند ترجمه mRNAهای هدف را فعال کنند و به عنوان فعال‌کننده‌های ترجمه عمل نمایند. به عنوان مثال در توقف چرخه سلولی Let-7 و miRNA-cxcr4 سنتتیک منجر به ترجمه می‌شوند درحالی‌که در سلول‌های در حال تکثیر ترجمه را مهار می‌کنند. بنابراین هماهنگ با چرخه سلولی می‌توانند بین این دو حالت سوئیچ یابند. miRNAها مى‌توانند به عنوان انکوژن و یا مهارکننده تومور از طریق مهار بیان ژن‌هاى هدف وابسته به سرطان عمل کنند.
4. لطفاً کمی راجع به جنبه‌های درمانی و تشخیصی مبتنی بر miRNAها توضیح بفرمائید. آیا در حال حاضر روش‌های درمانی و تشخیصی مبتنی بر miRNAها وجود دارد؟ چه ایده‌هایی در این رابطه در سطح جهان و ایران مطرح است؟
تکنولوژى “omics” شناسایى و درمان سرطان را به میزان زیادی تسهیل کرده است. ریزآرایه‌هاى miRNA یا microarrayها مى‌توانند بیان چند صد ژن را در یک نمونه بافتی از طریق هیبریداسیون miRNAها با توالی‌های هدف نشان دار شده شناسایى کنند. به‌علاوه روش توالی یابی نسل آینده (next generation sequencing) آنالیز تمام miRNAome شناخته شده را ممکن کرده است. همچنین سایر روش‌ها مثل فلوسایتومتری bead ،RTPCR کمی نیز برای دسترسی به الگوی بیان miRNA در تومورها و سایر بیماری‌ها استفاده می‌شوند.
miRNA با ویژگى‌هاى بالینى و زیستی تومور از قبیل نوع بافت، تمایز، تهاجم و پاسخ به درمان مرتبط است. استفاده از miRNAها به عنوان نشان‌گرهاى تشخیصى از طریق بررسى سرم یا پلاسماى انسانى امکان‌پذیر است از این رو مى‌توان miRNAهای سرطانی و سلول‌های توموری موجود در سرم یا پلاسما را بدون هیچ‌گونه روش تهاجمی شناسایى کرد. به استثناى لوسمى‌ها که سلول‌هاى بدخیم و به آسانى در دسترس هستند، براى سرطان‌هاى جامد، نمونه برداری بافت از طریق بیوپسى یا جراحی انجام می‌گیرد و چون معمولاً جراحى زمانى صورت مى‌گیرد که سرطان به میزان قابل توجهی پیشرفت نموده تشخیص آن چندان مفید نمی‌باشد. در این موارد استفاده از miRNAهایی که با فنوتیپ‌هاى بدخیم ارتباط تنگاتنگ دارند به‌عنوان نشان‌گرهاى تشخیصى جهت تشخیص بیماری در مراحل آغازین آن بسیار کمک‌کننده است.
به طور کلی از طریق مهار miRNAهای انکوژنى و یا برش آنها توسط miRNAهاى مصنوعى جفت شونده با mRNA، القای miRNAهاى مهارکننده تومور و کم کردن بیان miRNAها توسط عوامل اپى‌ژنتیکى مثل متیلاسیون پروموتری می‌توان مانع از پیش‌روی سرطان شد. اخیراً یک پیشرفت مهم در تکنولوژی RNAi برای استفاده از Artificial miRNA حاصل شده است.
amiRNA ستون فقرات یک miRNA طبیعی است که با طراحی و تولید این miRNA می‌توان به صورت کارآمد واختصاصی ژن مورد نظر را خاموش کرد. فقط توالی یک miRNA دورشته‌ای طبیعی می‌تواند به‌جای Artificial miRNA قرار گیرد. یک amiRNA طراحی شده می‌تواند درپروسه‌ای مشابه مسیر بیوژنز یک miRNA طبیعی ودرنتیجه یک amiRNA بالغ دارای عملکرد قرار گیرد. از آن‌جا که در واقع یک smallRNA پایدار از پیش‌ساز miRNA ایجاد می‌شود خاموش شدن به کمک این miRNA به‌دلیل توالی خیلی اختصاصی آن است. این شرایط اجازه می‌دهد که amiRNA طراحی شده بتواند یک ژن منفرد یا چندین ژن را خاموش کند. از آن‌جا که miRNAهای تک رشته‌ای واسطه‌ی خاموشی رشته‌ی اختصاصی ژن هستند این مسئله اجازه می‌دهد که amiRNA طراحی شده، بتواند اختصاصاً فقط رونوشت antisens را خاموش کند.
5. راجع به نحوه گزینش miRNAهای مورد مطالعه، چگونگی مشخص کردن ژن‌ها و فرایندهای سلولی و مولکولی متاثر از این miRNAها توضیح بفرمائید.
برای پاسخ به این سؤال که آیا miRNAها می‌توانند به‌صورت همزمان دو خصوصیت بنیادینگی و متاستاز را در سرطان پستان تنظیم کنند، به واکاوی miRNAها با بررسی گسترده مطالعات انجام شده در پایگاه داده‌های Pubmed ،Coremine و GEO با استفاده از کلید‌واژه‌های، “EMT” ،”Self-renewal” ،”stemness gene” ،”breast cancer cell line” ،”metastasis gene” و “cancer stem cells”، که دارای بیشترین IF و Citation بودند را جستجو کردیم. همچنین با جستجوی کلمات کلیدی مشابه، در هر دو پروفایل بیانی miRNA و mRNA را در پایگاه داده NCBI GEO جستجو کردیم. از مجموع مقالات بدست آمده، موارد ذیل حذف گردید:
الف) مقالات مروری یا نامه‌ها (the review articles or letters)
ب) مطالعات با داده‌های ناکافی یا غیر قابل دسترس
ج) مطالعاتی که مربوط به سلول‌های بنیادی سرطان ونمونه‌های انسانی (homo sapiens) نبودند.
پس از بررسی متن کامل، تمام miRNAهای موجود در مقالات منتخب در یک لیست قرار گرفتند و سپس miRNAهایی که در تنظیم بنیادینگی و متاستاز نقش داشتند، مشخص شدند.
یکی دیگر از اهداف این تحقیق، یافتن mRNAها بود. لذا در این مرحله به کاوش ژن‌های هدف miRNAهای انتخاب شده با استفاده از پایگاه داده‌های miRTarbase ،Targetscane و (124)miRWalk پرداخته شد. در این پایگاه داده‌ها، mRNAهایی که در هردو فرایند بنیادینگی و متاستاز دخیل بودند، با اعمال معیار (P-Value<0.05 و FC>2) را به عنوان خروجی ارائه داد.
در مطالعه حاضر، تمام mRNAها و miRNAها با استفاده از نماد رسمی (official symbol) در پایگاه داده‌های miRBase نام گذاری شدند که بعد از آنالیز با استفاده از نرم افزار R، دو لیست از miRNA که شامل miRNAهای تنظیم کننده متاستاز و miRNAهای تنظیم کننده بنیادینگی بودند، به دست آورده شد.
سپس miRNAهایی که حداکثر 2 ژن متاستاز و 3 ژن بنیادینگی را به طور مشترک هدف قرار می‌دادند، انتخاب شدند. (Fold change > 2 and P-Value<0.05)
با استفاده از سایت Enrichr برای شناسایی مسیرهایی که تحت تاثیر ژن‌های هدف هر یک از miRNA ها قرار داشتند در مسیرهای KEGG مورد بررسی قرارگرفت. همچنین تجزیه و تحلیل عملکرد ژن‌های هدف در فرایندهای بیولوژیکی، عملکرد مولکولی و جایگاه سلولی‌شان با استفاده از سایت Enrichr انجام شد. معیار آنالیز p-value <0.05 بود.
6. دلیل تمرکز تحقیقات شما بر miRNAهایی که هر دو مسیر STEMNESS و METASTASIS را تنظیم می‌کنند چیست؟ مزیت اینmiRNAها بر miRNAهایی که تنها یک مسیر را کنترل می‌کنند چیست؟
جمعیت کوچکی از سلول‌ها در توده توموری وجود دارند که از پتانسیل خود تجدید شوندگی (سلول‌های بنیادی سرطان) برخوردار هستند، که موجب رشد تومور، متاستاز، مقاومت به دارو و بازگشت آن پس از درمان می‌شوند. لذا یافتن عواملی تنظیمی که می‌توانند پتانسیل خود تجدید شوندگی و متاستاز را در این سلول‌ها تنظیم نمایند، می‌تواند رویکرد مناسبی در تحقیقات سرطان باشد. امروزه مشخص شده است که استفاده از ابزار داده کاوی می‌تواند به شناسایی شبکه‌های تنظیمی miRNA/ ژن، فعال در سلول‌های بنیادی سرطان منجر شده و اهداف جدید در درمان سرطان معرفی نماید.
هدف از این مطالعه پیش‌بینی الگوی بیانی miRNAها با استفاده از آنالیز داده‌های بیوانفورماتیک و مروری بر مطالعات گذشته و واکاوی miRNAهای منتخب تنظیم‌کننده هر دو فرایند متاستاز و بنیادینگی و ژن‌های هدف آنها می‌باشد. miRNAها، ریبونوکلئیک اسیدهاى غیرکدکننده‌ای هستند که از نظر تکاملی محافظت شده هستند و دارای طولی برابر 25-18 نوکلئوتید می‌باشند. این RNAها به پروتئین کد نمی‌شوند و بیان ژن‌های مختلف را در سطح بعد از رونویسی از طریق مهار ترجمه یا شروع تخریب mRNA تنظیم می‌کنند. همچنین آنها از طریق اتصال به پروموترهای ژن، می‌توانند موجب القای ترجمه و تنظیم رونویسی شوند. بسیاری از آنها می‌توانند به عنوان انکوژن و یا مهارکننده‌هاى توموری عمل نمایند. لذا بروز موتاسیون در این قالب‌های روخوانی باز، می‌تواند منجر به سرطان شود.
شناسایى miRNAها و مولکول‌های هدف آنها، بستر را برای شناخت مسیرهایى که منجر به سرطان می‌شوند، فراهم کرده‌است. بسیاری از miRNAها در سلول‌های خاص، بافت‌های خاص و یا در مراحل تکوینی ویژه‌ای بیان می‌شوند، در حالی که سایر miRNAها نسبتاً در همه‌جا بیان می‌شوند. miRNAها نیز مشابه ژن‌های دیگر، وابسته به فاکتورهای رونویسی هستند که بیان آنها را تنظیم می‌کنند. همچنین مشاهده شده است که میزان بیان miRNAهای بالغ نیز مشابه ژن‌های دیگر و ژن‌های هدف آنها در سلول‌های بنیادی سرطان نسبت به سلول‌های سرطانی و سلول‌های نرمال تغییر می‌کند.
7. از جمله مواردی که در سرطان سینه به چشم می‌خورد تنوع رده‌های مختلف سلول‌های سرطانی می‌باشد. منشأ این تنوع چیست؟ بررسی های شما راجع به بیان miRNAها در رده‌های مختلف چه نتایجی را در برداشته و آیا این تفاوت‌ها می‌تواند باعث تفاوت در پاسخ به درمان، در هر رده باشد؟
پیشرفت‌های اخیر در تعیین فنوتایپ و آنالیز مولکولی سرطان‌های انسانی، به طور وسیعی تشخیص و طبقه‌بندی برخی تومورها را ارتقا داده است؛ به ویژه درباره سرطان‌های پستان که این تکنولوژی طبقه بندی بیماری را ورای مارکرهای تک ژنی بهبود بخشیده است. سرطان پستان به زیرگروه‌های اصلی و تا حد زیادی برمبنای وضعیت رسپتورهای ER، پروژسترونPR ، HER2/neu و Ki67 آنها طبقه‌بندی می‌گردد. زیر گروه‌ها به این‌صورت معین شده اند.
Luminal A، که در آن ER و یا PR به شدت بیان می‌شود، اما HER2/neu منفی است و بیان Ki67 خیلی کم است، مانند رده سلولی MCF7. در Luminal B، که ER ،PR ،HER2/neu مثبت است (Triple positive) بیان Ki67 زیاد است. تومورهای Basal که ER ،PR ،HER2/neu منفی می باشد (Triple negative) و بیان Ki67 زیاد است، مانند رده سلولی MDA-MB468. در Claudin-low که ER ،PR ،HER2/neu منفی می باشد (Triple negative) و بیان Ki67 منفی است، مانند رده سلولی MDA-MB231.
نتایج بررسی الگوی بیانی هشت miRNAs انتخاب شده با پتانسیل هدف قرار دادن مسیرهای بنیادینگی و متاستاز در ماموسفیرهای مشتق از MDA-MB468 ،MDA-MB231 ،MCF-7 نشان داد که miR-204 ،miR-21 و miR-30c در همه انواع اسفروییدها بیان بالایی دارد اما افزایش بیان miR-204 در ماموسفیر MDA-MB468 معنی‌دار نبود (P: 0.1369). اگر چه هر رده سلولی دارای تفاوت‌هایی در بیان miRNA بودند، اما شباهت‌هایی نیز مشاهده شد. میزان بیان miR-10b ،miR-34a ،miR-520c در ماموسفیرهای MCF-7 و MDA-MB231 شبیه بود. شباهت بین MCF-7 و MDA-MB468 در بیان miR-30c و miR-200c بود و در نهایت الگوی بیان miR-373 در هر دو سلول‌های MDA-MB231 و MDA-MB468 مشابه بود.
یافته‌ها نشان داد که میزان بیان miR-200c در ماموسفیرهای هر سه رده سلولی MDA-MB231 ،MCF-7 و MDA-MB468 در مقایسه با سلول‌های چسبنده کاهش می یابد. (P = 0.0025)
در میان تمام miRNAs ذکر شده، نقش miR-21 و miR-200c در کسب ویژگی‌های سلول‌های بنیادی سرطان و تنظیم مسیرهای متاستاز در انواع سرطان‌ها از جمله سرطان پستان بیشتر تعریف شده است. بیان miR-200c در سلول‌های بنیادی سرطان پستان مانع تکثیر سلول‌های سرطان پستان با کنترل کامل ژن‌های متاستاز از جمله ZEB1 و SNAIL1 منجر می‌شود. نشان داده شده است که بیان پایین miR-200c دلیل مقاومت به پرتودرمانی در سلول‌های توموری می‌باشد. miR-204 به عنوان یک سرکوب‌گر تومور گزارش شده است و بیان پایین آن به طور قابل توجهی با فنوتیپ تهاجمی تومور در سرطان پستان، بازده پایین در بیماران مبتلا به لوسمی حاد میلوئید (AML)، بقای پایین در بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال و مهار مهاجرت و حمله در سرطان دهانه رحم ارتباط دارد.
8. به طور مختصر راجع به نتایجی که در رابطه با تهیه محیط کشت مناسب برای تشکیل کلنی‌های مطلوب به دست آوردید توضیح دهید.
به منظور ایجاد ماموسفیرها، ابتدا ما بر روی ایجاد لایه پوششی غیرچسبنده و محیط کشت بدون سرم مناسب برای تشکیل ماموسفیر از سلول‌های، MDA-MB468 ،MDA-MB231 ،MCF-7 تمرکز کردیم. روش‌های مختلفی برای کشت ماموسفیرها وجود دارد که معمولاً برای پوشش غیرچسبنده در سطح فلاسک از پلی-2-هیدروکسی اتیل متاکریلات (p-HEMA)، آگاروز، آگار و ماتریژل استفاده می‌کنند. نتایج ما مشخص کرد که ماموسفیرهای مشتق شده از MDA-MB468 MDA-MB231 ،MCF-7 که تا پاساژ سوم کشت داده شده بودند، در سطح فلاسک پوشیده شده با آگار و در حضور محیط کشت DMEM بدون سرم، دارای اسفیرهای بیشتر و فشرده تر، با اندازه بزرگ‌تر و با توان بالاتری درایجاد کلونی (هولوکلون) در مقایسه با سلول‌های والدین آنها که به صورت چسبنده کشت داده می‌شدند، بودند.
9. به نظر می‌رسد شما در این پژوهش از رویکرد سیستمز بیولوژی بهره گرفته‌اید. کمی راجع به مزیت‌های این رویکرد و جنبه های نوآورانه پژوهش خود توضیح بفرمائید.
جهت به دست آوردن شبکه تنظیمی ژن‌های کلیدی مؤثر در تنظیم بنیادینگی و متاستاز، از پایگاه داده STRING استفاده گردید. طبق شبکه تنظیمی، مشخص شد که چهار ژن مهم بنیادی دیگر شامل KLF4 ،SOX2 ،NANOG و OCT4 در تنظیم یکدیگر نقش دارند، و همچنین مشخص شد که ژن‌های دخیل در فرآیند متاستاز CDH1 ،CDH2 ،SNAI1 ،SNAI2 و ZEB1 در تنظیم یکدیگر و با ارتباط با ژن‌های MYC و NOTCH1 در مسیرهای متاستاز و خودنوزایی سلول‌های بنیادی نقش دارند.
10. در نتایج پژوهش خود به یک شبکه کنترلی مرکزی ازmiRNAها اشاره کرده‌اید که فرایند MET و خودنوزایی سلول‌های سرطانی را کنترل می‌کند.لطفاً راجع به این شبکه توضیح بفرمائید.
با استفاده از سایت miRTargetLink Human به تجزیه و تحلیل تعامل بین miRNAs و ژن‌های هدف آنها پرداختیم. این داده‌ها به صورت تست‌های تجربی و آزمایشگاهی تولید شده‌اند نه براساس دادهای پیش بینی شده که به صورت آنالیزهای بیوانفورماتیک بدست می‌آید.
11. استفاده از پایگاه‌های‌اطلاعاتی، نرم‌افزار‌ها و روش‌های آماری در پژوهش شما چشم‌گیر هست. برای بسیاری از مخاطبین عام، استفاده از پایگاه‌های‌داده اینترنتی و روش‌های آماری و… در یک پژوهش زیستی تعجب‌برانگیز می‌باشد. علاوه بر معرفی برخی از پایگاه‌های داده بهکارگرفته شده در این پژوهش به صورت مختصر به نقشی که این ابزارها در یک پژوهش زیستی ایفا می‌کنند، توضیح بفرمائید.
برای به دست آوردن درک بهتر از عملکردهای خاص بیولوژیکی هشت miRNA انتخاب شده، ژن‌های هدف آنها از سه پایگاه اطلاعاتی، miRTarbase ،TargetScan و miRWalk شناسایی شدند. ما در مجموعه به 34 ژن هدف در سه مرحله رسیدیم:
1- ابتدا مجموعه ای از ژن هایی را که به طور مشترک در میان miRNAهای انتخاب شده قرار گرفته اند، به دست آوردیم.
2- سپس، لیست ژن‌های هدف به دست آمده، برای بررسی فرایندهای بیولوژیکی، عملکرد مولکولی و اجزای سلولی درگیر در سایت Enricher ثبت شدند.
3- این لیست بر اساس p-Value < 0.05، تعداد ژن‌ها و عملکردشان در مسیرهای خودنوزایی، متاستاز، تهاجم و یا مهاجرت مرتب شده‌اند.
بیشترین ژن‌های اختصاصی در فرایندهای بیولوژیکی مانند اتصالات سلولی (cell-cell adhesion)، پروسه تکثیر سلول‌های بنیادی (stem cell proliferation process)، چرخه سلولی (cell cycle) و پروسه انتقال اپیتلیال به مزانشیمی (epithelial to mesenchymal transition process) درگیر بودند.
در اجزای سلولی تشکیل دهنده، بیشتر ژن‌ها متعلق به ارگان‌های هسته‌ای و سیتوپلاسمی بودند. در عملکردهای مولکولی، بیشتر ژن‌ها بصورت اختصاصی در اتصال به E-box، اتصال به DNA، اتصال به N-box، دراتصالات بین سلولی (cadherin binding involved in cell-cell adhesion) واتصال به miRNA درگیر بودند. در نهایت، تجزیه و تحلیل مسیر KEGG نتایج مشابهی را نشان داد، تعداد ژن‌هایی که در مسیرهای مولکول‌های چسبنده سلولی (cell adhesion molecules)، مسیرهای دخیل در سرطان، مسیر سیگنالینگ MAPK، مسیر سیگنالینگ Wnt، مسیر سیگنالینگ Hedgehog، مسیر سیگنالینگ Hippo، مسیر سیگنالینگ TGF-beta، مسیرهای سیگنالینگ تنظیم پرتوانی سلول‌های بنیادی، مسیر سیگنال P53 و چرخه سلول دخیل هستند.
در این مطالعه برای توصیف داده‌ها از شاخص‌های میانگین و SD یا SEM آنها استفاده شد. در نتایج حاصل برای مقایسه میانگین دو گروه مستقل از تست‌های آماری T-test و One way ANOVA و برای مقایسه میانگین دو گروه غیرمستقل از Tow way ANOVA در سطوح معنی داری p-vlue<0.05 ،p-vlue<0.01 ،p-vlue<0.001 و p-vlue<0.0001 مورد بررسی قرار گرفت. برای محاسبات در هر یک از روش‌های فوق از نرم افزار Prism(version 6) GraphPad استفاده شد.
برای بررسی الگوی بیانی miRNAهای ذکر شده و ژن‌های هدف آنها در ماموسفیرها، از آنالیز ضریب همبستگی پیرسون با استفاده از نرم افزار SPSS (ورژن 16.0) استفاده گردید. به این معنا که ابتدا همبستگی miRNA/miRNA و mRNA/miRNA و mRNA/mRNA در ماموسفیرهای سرطان پستان توسط نرم افزار SPSS محاسبه شد. سپس miRNAها و ژن‌های بنیادینگی و متاستازی که بیشترین تعداد همبستگی معنادار (منفی و مثبت) را با یکدیگر نشان می‌دادند (P<0.05) و همچنین از ژن‌های مهم دخیل در متاستاز و بنیادینگی در سرطان پستان بودند، انتخاب شدند.
(مقادیر ضریب همبستگی بین ۱- تا ۱ تغییر می‌کند که (۱) به معنای همبستگی مثبت، (0) به معنی عدم همبستگی، و (1-) به معنی همبستگی منفی است.)
12. موانع و مشکلات شما در اجرای این طرح چه بوده است؟
معمولاً در پروژه‌ها مشکلات بودجه داریم و کمبود برخی امکانات و دستگاه‌ها نیز گاهی مشکل ساز است.
13. لطفاً نام سازمان و یا نهادهایی که از پروژه شما را حمایت کرده‌اند بیان کنید.
دانشکده علوم نوین پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی تبریز و پژوهشکده سلول‌های بنیادی پژوهشگاه رویان جهاد دانشگاهی تهران
14. ضمن تشکر و قدردانی از وقتی که به ما اختصاص دادید، به عنوان بخش پایانی اگر صحبتی برای خوانندگان دارید بفرمایید.
از حسن توجه شما و همکارانتان سپاس گزارم و از علاقه‌مندی که خوانندگان محترم این ژورنال به مطالعه این مصاحبه اختصاص دادند تشکر می‌کنم. با آرزوی موفقیت تیم‌های درمانی در مهار کامل سلول‌های بنیادی سرطانی، شما را به خدا می‌سپارم.
