پایگاه‌های داده زیستیمیکروبیوم

روشی جدید برای ارزیابی میکروبیوم‌ها

دانشمندان موسسه Qingdao راهی برای ارزیابی نوآوری و تأثیر میکروبیوم‌ها در جهان وسیع اطلاعات میکروبیومی پیداکرده‌اند. میکروبیوم‌ها، جوامع میکروبی هستند که در هر گوشه‌ای از سیاره زمین کلونیزه شده‌اند و بر سلامت انسان، محیط داخلی، هوا، خاک و تشکیل اکوسیستم‌ها تأثیر می‌گذارند.


از سال 2010 پروژه‌های بسیاری بر روی توالی‌های میکروبیوم همچون پروژه میکروبیوم زمین و پروژه میکروبیوم انسان کار می‌کنند. این مطالعات منجر به تشکیل داده‌های متاژنوم که ساختار و عملکرد این جوامع میکروبی را توصیف می‌کند، شده است. باوجود حجم زیادی از این داده‌ها، روش‌های محاسباتی کمی برای پردازش و ادغام آن‌ها در دسترس هستند. در حقیقت، ارتباط یک نمونه جدید میکروبیوم به تعداد زیادی از نمونه‌های میکروبیومی موجود کار دشواری است.

پایگاه داده (MSE (Microbiome Search Engine مقایسه میکروبیوم را در مقیاس جهانی امکان‌پذیر می‌سازد. با استفاده از MSE، یک روش مبتنی بر جستجو برای استخراج داده‌های میکروبیوم ایجاد شد. دو شاخص ارزیابی جدید شامل نمره نوآوری میکروبیومی یا MNS)Microbiome Novelty Score) و نمره توجه میکروبیوم یا (Microbiome Attention Score(MAS پیشنهادشده است.

MNS یگانگی ترکیبات یک نمونه میکروبیوم در زمان تولد آن را ارزیابی می‌کند، MAS نیز مقدار توجه علمی اختصاص داده‌شده به میکروبیوم را با شمارش تعداد همسایگان نزدیک میکروبیوم تعیین می‌کند. شاخص تمرکز میکروبیومی، یا MFI که از MNS و MAS استخراج‌شده است، تأثیر و سهم یک نمونه میکروبیوم را برای مطالعات بشر برای میکروبیوم‌های جدید اندازه‌گیری می‌کند. نمونه‌های میکروبیومی با MFI، نمونه‌هایی هستند که باعث جلب‌توجه بسیاری از تحقیقات علمی شده‌اند.

بنابراین، MNS ،MAS و MFI به‌عنوان یک روش برای اندازه‌گیری نوآوری و تأثیر یک نمونه، یک پروژه، یک دانشمند یا یک منطقه تحقیقاتی عمل می‌کند که به آن‌ها به‌اصطلاح “alt-metrics” گفته می‌شود و با روش‌های معمول برای ارزیابی تحقیقات مانند تعداد ارجاعات یا impact factor که قضاوت‌های انسانی دارند، متفاوت است.

چنین جستجوهایی برای پایگاه‌های میکروبیوم یک قدم مهم برای آنالیز داده‌ها در مقیاس‌های مختلف در مطالعات میکروبیوم خواهد بود. این کار برای جامعه تحقیقاتی میکروبیوم بسیار ارزشمند و مفید است.

☑ لینک خبر
لینک مقاله

برچسب‌ها
نمایش بیشتر

نوشته‌های مشابه

دیدگاهتان را بنویسید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *

هشـت + یـک =

دکمه بازگشت به بالا
بستن