شناسایی تنوع میکروبی در کره خاکی با پروژه میکروبیوم زمین
✅پروژه «میکروبیوم زمین» در سال ۲۰۱۰ و با هدف شناسایی ۲۰۰ هزار نمونه میکربی از سراسر دنیا و ایجاد یک کاتالوگ از آن‌ها، راه‌اندازی شد. براساس گزارش منتشره در مجله Nature، این پروژه تاکنون بیش از ۲۷ هزار نمونه و فرا‌داده را از جامعه علمی جهان، جمع‌آوری کرده است. دانشمندان تقریباً ۳۰۰ هزار توالی منحصربه‌فرد ۱۶SrRNA را در این نمونه‌ها شناسایی کرده‌اند که اکثر آن‌ها را در پایگاه‌های اطلاعاتی موجود نمی‌توان پیدا کرد.
?راب نایت، استاد و سرپرست مرکز نوآوری میکروبیومی در دانشگاه کالیفرنیا در شهر سن‌دیه‌گو می‌گوید: «هنگامی‌که این پروژه آغاز شد، او و همکارانش امیدوار بودند که پروژه به همان عظمتی باشد که تاکنون شاهدش بوده‌اند. اما این مدلی کاملاً بی‌سابقه برای انجام پروژه‌ای به این عظمت بود و بسیاری از همکاران ارشد ما نسبت به موفقیت آن بدبین بودند.»
?او و همکارانش همچنین از پایگاه اطلاعاتی پروژه میکروبیوم زمین برای بررسی غنای گونه‌های میکروبیومی کره زمین استفاده کردند تا نشان دهند که چگونه باید از این منبع اطلاعاتی آزاد، استفاده کرد.
?طبق گفته خیرون راییز از انستیتو KU Leuven-Rega : «این پروژه منبعی را فراهم کرده که بوم‌شناسان میکروبی و زیست‌شناسان تکامل‌گرا را برای سال‌ها مشغول نگه می‌دارد.» برای این بررسی، محققین در ۲۷۷۵۱ نمونه اول و فراداده‌های آن‌ها، بر روی محتوای باکتری‌ها و آرکی باکتر تمرکز کردند.
?فراداده‌های وابسته باید با MIxS کنسرسیوم استانداردهای ژنومیک (Genomic Standards Consortium) و استانداردهای اونتولوژی محیط‌زیست (Environment Ontology Standards) مطابقت داده می‌شد . محققین کارکرد هستی‌شناسی سبکی هم به آن اضافه کردند تا دریابند که آیا نمونه‌ها زیست مستقل دارند یا اینکه وابسته به میزبان هستند و در صورت وابستگی آن‌ها به میزبان، آن میزبان گیاهی است یا جانوری. این بررسی همچنین مشخص می‌کرد که نمونه‌ها از محیط‌زیست شور هستند یا غیر شور.
?محققین نمونه ژن‌های ۱۶SrRNA را در یک پلاتفورم Illumina توالی‌یابی و تقویت کردند تا ۲/۲ میلیون توالی تولید کنند.
راییز در اظهار نظر خود اشاره می‌کند: «محققین در این پروتکل، تعمیم‌پذیری را به حساسیت ترجیح دادند. هنگامی که یک پروتکل به کنترل تغییرپذیری کمک می‌کند، همه پروتکل‌ها به‌خوبی در میان طیفی از انواع نمونه‌ها عمل می‌کنند.»
?گفتنی است در همین رابطه، پروژه‌های میکروبیوم بزرگ دیگر مانند Human Microbiome Project و Extreme Microbiome Project در پی شناسایی میکروب‌های وابسته به انسان و میکروب‌های مقاوم به شرایط سخت محیطی هستند.
?ترجمه: مریم باورساد
☑️ لینک خبر
☑️ لینک مقاله
☑️ عضویت در زیست فن میکروبی صنعتی محیط زیست
☑️ عضویت در زیست فن پزشکی مولکولی
☑️عضویت در کانال زیست فن
