✅محققان برای اولین بار موفق به توالی‌یابی کامل ژنوم گیاه جینسنگ شده‌اند. این گیاه برای هزاران سال به‌عنوان یک داروی سنتی در شرق آسیا مورد استفاده قرار گرفته است و تحقیقات فارماکولوژی یا داروشناختی جدید بر ترکیبات مهم زیست‌فعال آن، جینسینوسایدها، متمرکز شده است.
?محققانی به رهبری شیلین چن از آکادمی علوم پزشکی چین، ژنوم جینسنگ با نام علمی Panax ginseng را توالی‌یابی کرده و دریافته‌اند که ژنوم ۳.۴ گیگابایتی آن بسیار تکرارشونده است. محققان با ترکیب داده‌های ترنسکریپتوم بافت‌های مختلف گیاهی، بررسی ژن‌های درگیر در سنتز جینسینوسایدها را نیز آغاز نموده‌اند.
?چن و همکارانش اظهار داشته‌اند: «ژنوم جینسنگ منبع ارزشمندی برای درک و بهبود اصلاح، کشت، و بیولوژی سنتز مواد در این گیاه کلیدی است.»
?محققان فوق، DNA ژنومی را از یک لاین ۴ ساله جینسنگ با هتروزیگوسیتی پایین برای توالی‌یابی جفت پایانی در پلتفرم ایلومینا HiSeq استخراج کردند. بعد از فیلتر کردن، آن‌ها ۹۱X از خوانش‌های بسیار باکیفیت را در یک ژنوم انتخابی و پیش‌نویس ۳.۴۳ گیگابایتی مونتاژ کردند.
?محققان گزارش کرده‌اند که پیش‌بینی می‌شود حدود ۶۲ درصد از ژنوم جینسنگ تکرارشونده باشد که بسیار بیشتر از سورگوم، برنج و انگور بوده ولی مشابه با گیاه ارکیده است. آن‌ها همچنین تخمین زده‌اند که ژنوم جینسنگ دارای بیش از ۴۲۰۰۰ ژن کدکننده پروتئین باشد.
?چن و همکارانش همچنین تحلیل‌هایی در مورد جینسینوسایدها انجام داده‌اند. آن‌ها با استفاده از نوعی طیف‌سنجی جرمی، توزیع جینسینوسایدها در ریشه‌های جینسنگ را بررسی کردند و دریافتند برخی از گونه‌های جینسینوسایدها در پوسته بیرونی یا هسته ریشه‌ها متمرکزند، درحالی‌که بقیه توزیع گسترده‌تری داشتند. این موضوع باعث شد که محققین بخش‌های مختلف ریشه را برای تحلیل بیان ژن از هم جدا کنند.
?داده‌های ترنسکریپتومی که آن‌ها تولید کردند، به شناسایی هزاران ژن منجر شد که بین مناطق مختلف ریشه به‌صورت متفاوت بیان شده‌اند. آن‌ها اشاره کردند، بسیاری از این ژن‌ها در فرایند متابولیسم و واکنش‌های محرک دخالت دارند. این محققین که نتایج مطالعات آن‌ها در مجله Gigascience منتشر شده، گفته‌اند که ژنوم جینسنگ و تحلیل مسیرهای سنتز جینسینوسایدها می‌تواند کمک کند تا در مورد اصلاح، کشت و سنتز جینسنگ اطلاعات مفیدی ارائه شود. آن‌ها اضافه کرده‌اند که این یافته‌ها، می‌توانند به‌عنوان منابعی مؤثر برای تحلیل ژنومی عملکرد گیاه با افزایش بهره‌وری، دقت و حساسیت استفاده شود.
?ترجمه و بازنویسی: محمدرضا دلفیه
☑️ لینک خبر
☑️ لینک مقاله
☑️ عضویت در زیست فن کشاورزی
☑️عضویت در کانال زیست فن
