زیست شناسی مصنوعیمهندسی ژنتیک

قسمت چهارم از مبحث استانداردسازی

استانداردسازی مونتاژ

بخش مهم دیگر در زیست‌شناسی صناعی نحوه اتصال و مونتاژ قطعات زیستی است. با پیشرفت این رشته روش‌ها و استانداردهای جدیدی برای مونتاژ قطعات DNA معرفی شدند[1,2] که اولین و معروفترین آن ها BioBrick و BglBrick‌ ها هستند[3–5].


طراحی و استانداردسازی این قطعات که در آن از مفاهیم ساده آنزیم‌های محدودگر استفاده شده است، موجب می‌شود فرآیند مونتاژ بتواند به صورت پیوسته و در ابعاد گسترده‌تر انجام شود. گرچه بسیاری، BioBrick‌ ها را در دسته قطعات دسته‌بندی می‌کنند؛ اما واقعیت این است که اساس طراحی این قطعات استانداردسازی فرآیند مونتاژ است نه استانداردسازی قطعات.

گرچه BioBrick‌ ها به عنوان استانداردی با 14 سال قدمت همچنان مورد استفاده قرار می‌گیرند، اما به دلیل مشکلات متعدد از جمله ایجاد اسکار در بین قطعات و محدودیتی که در توالی قطعات وجود دارد، روش‌های دیگری نیز برای مونتاژ قطعات معرفی شده است که از آن جمله می‌توان به Golden Gate و Gibson assembly اشاره کرد. با وجود کاربرد گسترده این روش‌ها، هیچ کدام خالی از اشکال نیستند و همچنان تلاش برای طراحی روش‌های بدون اسکار، مستقل از توالی و با صحت بالا ادامه دارد[6–8].

از سوی دیگر با ارزان‌‌‌تر شدن سنتز DNA و پیدایش کارخانه‌های اتوماتیک مونتاژ DNA به طور کلی فرآیند مونتاژ بسیار آسان شده و نسبت به سایر قسمت‌ها، نگرانی در مورد استانداردسازی آن وجود ندارد.

نویسنده: یاسمن اسعدی


منابع:

1. Martínez-Garćía E, Aparicio T, Goñi-Moreno A, Fraile S, De Lorenzo V. SEVA 2.0: An update of the Standard European Vector Architecture for de-/re-construction of bacterial functionalities. Nucleic Acids Res. 2015;43(D1):D1183–9.
2. Casini A, Storch M, Baldwin GS, Ellis T. Bricks and blueprints: Methods and standards for DNA assembly. Nat Rev Mol Cell Biol. 2015;16(9):568–76.
3. Anderson JC, Dueber JE, Leguia M, Wu GC, Arkin AP, Keasling JD. BglBricks: A flexible standard for biological part assembly. J Biol Eng. 2010;4:1–12.
4. Knight T. Idempotent Vector Design for Standard Assembly of Biobricks. MIT Libr [Internet]. 2003;1–11. Available from: http://dspace.mit.edu/handle/1721.1/45138
5. Shetty RP, Endy D, Knight TF. Engineering BioBrick vectors from BioBrick parts. J Biol Eng. 2008;2:1–12.
6. Liang J, Liu Z, Low XZ, Ang EL, Zhao H. Twin-primer non-enzymatic DNA assembly: An efficient and accurate multi-part DNA assembly method. Nucleic Acids Res. 2017;45(11):e94.
7. Zhou J, Wu R, Xue X, Qin Z. CasHRA (Cas9-facilitated Homologous Recombination Assembly) method of constructing megabase-sized DNA. Nucleic Acids Res. 2016;44(14).
8. Jin P, Ding W, Du G, Chen J, Kang Z. DATEL: A Scarless and Sequence-Independent DNA Assembly Method Using Thermostable Exonucleases and Ligase. ACS Synth Biol. 2016;5(9):1028–32.

برچسب‌ها
نمایش بیشتر

نوشته‌های مشابه

پاسخی بگذارید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *

دکمه بازگشت به بالا
EnglishIran
بستن
بستن