محققان با استفاده از کلکسیون Keio نوعی روش جدید و عمومی برای مهندسی ژنتیک E.coli توسط سیستم CRISPER طراحی کردند. در این روش یک gRNA عمومی، کاست ژنی kanamycin را که در همه‌ی کلون‌های کلکسیون مشترک است هدف قرار می‌دهد و به این طریق می‌توان به وسیله‌ی یک gRNA واحد کلیه‌ی ژن‌های موجود در باکتری را مورد دستورزی قرار داد.
تصور کنید که بتوانید یک کیت مهندسی ژنتیکی انتخاب کنید بدون آنکه نگران محتوی آن باشید، چرا که می دانید که نمونه‌ای وجود دارد که برای هر ژنی مناسب است. یک تیم تحقیقاتی از کشورهای مختلف دنیا با ساده‌تر و در دسترس‌تر کردن سیستم CRISPER، چند گام به این هدف نزدیک‌تر شده‌اند.
CRISPER تکنولوژی بی‌نظیری است که توسط آن می‌توان به صورت دقیق توالی ژنتیکی مد نظر را هدف قرار داد و تغییرات دلخواه را در محل ایجاد کرد. بدین وسیله محققان می‌توانند تغییرات دائمی در ژن‌های سلول زنده و مدل ارگانیسم‌ها ایجاد کنند و بدین طریق به مطالعه‌ی عملکرد ژن‌ها بپردازند؛ از جمله ژن‌های مرتبط با بیماری‌های انسانی.
این هدف‌گیری دقیق DNA توسط RNA راهنما (gRNA) صورت می‌گیرد که تا حد خوبی قابل تغییر است. با این وجود هنوز مشکلاتی وجود دارد که از آن جمله می‌توان به محدودیت‌های موجود در انتخاب توالی هدف، امکان هدف‌گیری خطا در محل دیگری از ژنوم و لزوم استفاده از gRNA مخصوص برای هر ژن، اشاره کرد. این تیم تحقیقاتی به دنبال راه‌حلی برای فایق‌آمدن بر تمام مشکلات گفته‌شده هستند.
آن‌ها ابتدا قصد داشتند که برای هر ژن موجود در E.coli یک gRNA متفاوت بسازند اما در نهایت متوجه شدند که باهدف قرار دادن توالی عمومی موجود در کلکسیون‌های ناک اوت ژنی دیگر نیازی به این کار نخواهدبود و یک توالی gRNA برای همه ژن‌ها مناسب خواهد بود. این کلکسیون‌ها سابقا برای میکروارگانیسم‌های مهم پزشکی و حتی در مگس سرکه ساخته‌شده‌است.
در این مطالعه دانشمندان از کتابخانه کلون‌های E.coli به نام کلکسیون Keio استفاده کردند. در این کلکسیون که در سال ۲۰۰۶ در ژاپن ساخته‌شده‌است هر کلون باکتری دارای ژن متفاوتی است که با ژن مقاومت به kanamycin جایگزین شده‌است. محققان در نهایت با هدف قراردادن دو جایگاه شناسایی فلیپاز FRT را در دو طرف کاست ژنی kanamycin هدف قرار دادند توانستند امکان خطا را کمتر کنند و به صورت عمومی هر ژنی را دستورزی کنند.
این روش می‌تواند در مهندسی ژنتیک باکتری ها بسیار کاربردی باشد چرا که دیگر نیازی به ساخت و کلون gRNA به صورت جداگانه وجود ندارد و تنها با استفاده از یک کیت عمومی و کلکسیون KeioT که امروزه در اکثر آزمایشگاهها وجود دارد یا به آسانی فراهم می‌شود می‌توان انواع دست ورزی‌های مختلف را روی باکتری انجام داد. همین استراتژی برای سایرارگانیسم‌هایی که کلکسیون آن‌ها موجود است نیز قابل انجام است.
☑ لینک خبر
☑ لینک مقاله
☑ عضویت در زیست فن پزشکی مولکولی
☑ عضویت در کانال زیست فن
