باکتری‌های روده می‌توانند در سرطان روده نقش داشته باشند. افراد مبتلا به این وضعیت اغلب دارای سطوح بالاتری از گونه‌های خاصی از اشریشیا کلی در سیستم گوارش خود هستند. در حال حاضر به نظر می‌رسد یک سم تولیدشده توسط باکتری‌ها در سلول‌های روده موجب تخریب DNA می‌شود که احتمالاً اولین قدم در سرطانی‌شدن است.
درحالی‌که برخی از نژادهای اشریشیا کلی می‌تواند موجب مسمومیت غذایی شود، سایر آنها در بخشی از جامعه باکتری‌های مفید روده نیز هستند. مطالعات اخیر نشان می‌دهند که حدود ۲۰ درصد نژادهای اشریشیا کلی یک توکسین تخریب‌کننده DNA به‌نام کولی‌باکتین تولید می‌کنند. افراد با بیماری التهابی روده و سرطان روده، دارای سطوح بالاتری از این باکتری‌ها در دستگاه گوارش خود هستند.
به‌منظور تعیین نقش کولی‌باکتین در بدن انسان، محققان کولی‌باکتین را به سلول‌های روده انسان تزریق کردند. آنها دریافتند که این سم پس از ۱۶ دقیقه موجب تخریب شدید DNA سلول می‌شود. سلول‌هایی که به آنها کولی‌باکتین تزریق نشده بود، دچار این تغییرات نشدند.
هنگامی‌که محققان این آزمایش را در موش‌ها تکرار کردند، نتایج مشابهی را در سلول‌های کولون مشاهده کردند. این اولین بار بود که محققان مشاهده کردند کولی‌باکتین به‌طور مستقیم موجب تخریب DNA در سلول‌ها می‌شود.
آنها در حال بررسی این موضوع هستند که آیا این تخریب موجب سرطانی‌شدن می‌شود یا خیر. در زمینه‌های دیگر، مثلاً در مورد محصولات تنباکو، شواهدی مبنی‌بر سرطانی بودن تخریب DNA وجود دارد.
درحال حاضر مشخص نیست که چه زمانی و به چه علتی برخی از انواع اشریشیا کلی، کولی‌باکتین تولید می‌کنند. بسیاری از افراد در روده خود اشریشیا کلی با توانایی تولید کولی‌باکتین دارند و کاملاً هم سالم هستند.
