پیرو نظرات محققان حاضر در نشست ASM Microbe 2018، متاژنومیکس و حتی متاترانسکریپتومیک، به پزشکان و محققان اجازه می‌دهد تا پاتوژن‌های بیماری‌زا را از یک ترکیب باکتریایی خارج کنند. طی جلسه ای که در مورد نقش متاژنومیکس در بیماری‌های عفونی بالینی برگزار شده است، پژوهشگران بیان نمودند که توالی‌یابی می‌تواند محققان را سریعتر از کشت نمونه‌های میکروبی به نتیجه برساند.
محققان آزمایش‌هایی را آغاز کرده‌اند که نشان می‌دهد متاژنومیکس می‌توانند همان میکروب‌هایی را که کشت می‌کنند برداشت کرده و حتی ممکن است بتواند آن هایی را که در طی کشت گم می‌شوند، شناسایی کنند. در عین حال، توالی‌یابی متاژنومیکس می‌تواند نشان دهد که کدام یک از ژن‌های مقاوم در برابر آنتی بیوتیک‌ها می‌توانند به عنوان نمونه کشت شوند. لذا متاترانسکریپتومیک نقطه آغازی است که به محققان یک چشم انداز اجمالی از ویروس‌های RNA و همچنین این موضوع که کدامیک از ژن‌ها واقعا رونویسی شده‌اند را، ارائه می‌نماید.
ژاک شوگرزل، استاد دانشکده و بیمارستان دانشگاه ژنو واقع در سوئیس، در این خصوص بیان کرده است: «عرصه میکروب شناسی به سرعت در حال تغییر است. با این حال، هر دو متاژنومیکس و متاترانسکریپتومیک چالش‌های مخصوص به خود را دارند که شامل هزینه‌های گزافی نیز هست.»
شوگرزل در طی صحبتش بدین امر اشاره نمود که متاژنومیکس می‌تواند برای شناسایی عفونت‌های مشکوک نیز مورد استفاده قرار گیرد. او به موردی از سال ۲۰۱۲ اشاره کرد که در آن یک زن ۲۹ ساله پرتغالی دچار آبسه چرکین شده بود. اگر چه نمونه او که به وسیله کشت و qPCR مورد آزمایش قرار گرفت نسبت به پاتوژن‌ها منفی بود اما پزشکان مشکوک بودند که منبع عفونت بروسلا باشد.
وی تحت درمان قرار گرفت، اما چهار سال بعد دوباره همان علائم در بیمار ظاهر شد و یک بار دیگر نتایج کشت و qPCR منفی بودند. این‌بار پزشکان توانستند با توالی‌یابی متاژنومیک از نمونه کبد، که بخشی از آن برای درمان آبسه کبدی برداشته شده بود، تعداد انگشت شماری از خوانش بروسلا را در نرخ یک خوانش بروسلا به ازای هر ۴۳ هزار خوانش انسانی کشف کنند و دریافتند که همین مسئله منبع عفونت او می باشد.
به همین ترتیب، مورگان ایوی از کلینیک مایو از توالی‌یابی متاژنومیک برای تشخیص پاتوژن‌ها در بیماران مبتلا به عفونت‌هایی استفاده نمود که بر مفصل پروتزی آن‌ها تأثیر گذاشته بود. او و همکارانش مایع مفصلی ۱۶۸ نفری را که تعویض کامل زانو در آن‌ها با شکست مواجه شده بود جمع آوری نمودند و سپس به کشت آن با توالی یابی متاژنومیک پرداختند.
آن‌ها گزارش کردند که توالی‌یابی متاژنومیک در ۷۳ مورد از ۸۲ مورد دارای محیط کشت مثبت مورد بررسی قرار گرفته است؛ و در عین حال، پاتوژن‌های بالقوه در چهار مورد از مواردی با محیط کشت منفی نیز کشف شدند. بنابراین، شوگرزل در ادامه سخنانش افزود: «این امر، نشان می‌دهد که توالی یابی متاژنومیک می‌تواند برای شناسایی پاتوژن‌ها، حتی در مواردی که کشت ممکن نیست نیز مفید باشد.»
پاتریشیا سیمنر از دانشگاه جانز هاپکینز بیان نمود است: «استفاده از خوانش کوتاه و توالی‌یابی نانو ذره برای شناسایی ژن‌های مقاوم در برابر میکروب‌ها لازم است. در حال حاضر، تکمیل آزمایش‌های حساسیت ضد میکروبی، دو تا سه روز طول می‌کشد، اما توالی یابی، به ویژه توالی یابی نانوذره می‌تواند این فاصله زمانی را کوتاه‌تر کند.»
او در این خصوص به مورد زن ۶۴ ساله‌ای اشاره کرد که پس از پیوند کبد، مبتلا به سپتیسمی شد و استفاده از وانکومایسین و مروپنم را آغاز نمود. کشت خونی وی متعاقباً نشان داد که او از لحاظ کلبسیلا پنومونیه مثبت بود و نمونه برای آزمایش حساسیت ضد میکروبی ارسال شد. اما، سیمنر معتقد است که اگر رویکرد مبتنی بر متاژنومیک در ابتدا به کار گرفته شده بود، آن‌ها می‌توانستند فنوتیپ باکتری را حدود ۲۰ ساعت زودتر پیش‌بینی کنند و دیگر به آزمایش‌های اضافی در این خصوص نیازی نبود.
✳️ مترجم: آزاده داودی
✅ لینک خبر
