محققان در دانشگاه سن دیگو کالیفرنیا ابزاری جدید طراحی کرده‌اند که به کمک آن می‌‌توان برهمکنش‌های بین RNA و DNA را تشخیص داد. این ابزار که MARGI (Mapping RNA Genome Interactions) نامیده شده است، اولین تکنولوژی است که قادر است تمام مولکول‌های RNA که قادرند با یک بخش از DNA برهمکنش داشته باشند را به همراه مکان این برهمکنش‌ها، آن هم تنها در یک آزمایش تشخیص دهد.
مولکول‌های RNA می‌توانند به توالی‌های خاصی از DNA بچسبند و به این طریق میزان تولید پروتئین از ژن مورد نظر را کنترل کنند. حال با شناسایی اینکه چه ژن‌هایی این RNAهای تنظیم‌کننده را کد می‌کنند، دانشمندان می‌توانند عملگرها و دستورات موجود در ژنوم را شناسایی کنند. این مسئله بخصوص زمانی اهمیت پیدا می‌کند که بدانیم اگرچه بیشتر توالی ژنوم انسان شناخته شده، ولی «معنای» این توالی در اکثر جاها هنوز معلوم نیست.
روش‌های موجود برای بررسی برهمکنش RNA-DNA تنها قادر به آنالیز یک مولکول RNA در هر بار آزمایش هستند ولی MARGI می‌تواند یک سری برهمکنش را تنها در یک آزمایش که 1 تا دو هفته طول می‌کشد، تحلیل کند.
بطور خلاصه در این تکنیک ابتدا رشته DNA به چندین قطعه کوچک خرد می‌شود و با RNA مخلوط می‌گردد. در این مخلوط بخشی از مولکول‌های RNA با قطعات DNA در برهمکنش هستند. سپس به مخلوط یک پیوند دهنده (linker) که طراحی خاصی دارد افزوده می‌شود که جفت‌های RNA-DNA را به هم متصل می‌کند. این قطعات سپس به طور انتخابی استخراج شده و با یک روش پربازده توالی یابی می‌شوند.
اگرچه این روش هنوز کامل و بی نقص نیست، ولی گام مهمی به سمت تفسیر عملکرد ژن‌های مختلف ژنوم است.
این تحقیق در مجله‌ی Cell current biology چاپ شده است.
ترجمه: کسری طباطبایی
