محققان دانشگاه ملی سنگاپور (NUS) روش کارآمدی برای توالی‌یابی کامل ژنوم ویروس‌های عامل بیماری‌های عفونی ارائه داده‌اند. در این بیماری‌ها، پشه‌ها پس از تغذیه از خون افراد آلوده، به‌عنوان ناقلین بیماری عمل کرده و افراد سالم دیگر را نیز درگیر می‌کنند.
ویروس‌های دنگی، زیکا و چیکونگونیا از عوامل ایجادکننده بیماری‌های خطرناک و کشنده در انسان هستند. این ویروس‌ها از طریق نیش پشه‌های آلوده به انسان منتقل می‌شوند. ویروس زیکا همچنین می‌تواند از مادر آلوده به جنین نیز منتقل شود.
در سال‌های اخیر، توزیع این ویروس‌ها و پشه‌های ناقل آن‌ها به‌طرز قابل توجهی افزایش یافته و به یک نگرانی بزرگ در زمینه بهداشت عمومی تبدیل شده است. چرا که گسترش این عوامل بیماری‌زا باعث افزایش نرخ ابتلا به بیماری‌های عفونی خواهد شد. از سوی دیگر، بروز علائم مشابه در بیماران آلوده به این ویروس‌ها، تشخیص درست این نوع عفونت‌ها را با چالش روبه‌رو ساخته است.
در حال حاضر برای مقابله با این بیماری‌ها، یک تیم تحقیقاتی به سرپرستی پروفسور October Sessions از دانشکده داروسازی و کالج بهداشت عمومی هوک، روش بسیار کارآمدی را برای توالی‌یابی کامل ژنوم ویروس‌های دنگی، زیکا و چیکونگونیا ارائه داده است. در این روش، ویروس‌ها به‌طور مستقیم از نمونه‌های بیمار نظیر خون و ادرار جمع‌آوری می‌شوند.
کسب اطلاعات کامل از ژنوم ویروس اهمیت بسیار زیادی دارد. زیرا اطلاعات مهمی را در مورد منشأ ویروس و اثرات مضر آن ارائه می‌دهد. از سوی دیگر، از این اطلاعات می‌توان برای تشخیص سریع شیوع بیماری و جلوگیری از گسترش ویروس در جامعه استفاده کرد.
شناسایی کامل ژنوم ویروس‌های جدا شده از بیماران، یک انتظار دشوار و اغلب بی‌فایده است که به دانش و اطلاعات دقیق در زمینه ویروس نیاز دارد. مشکل اصلی که در توالی‌یابی مستقیم ژنوم‌های کامل ویروس‌های جدا شده از افراد آلوده وجود دارد این است که این نمونه‌ها در مقایسه با میزان ژنوم ویروسی، دارای مواد ژنتیکی انسانی بسیاری زیادی هستند که برای استفاده مکرر و مداوم این رویکرد نیاز است.
محققان در مطالعه پیش‌رو از یک الگوریتم محاسباتی ویژه استفاده کرده‌اند. این الگوریتم برای طراحی “طعمه‌هایی” توسعه یافته است که ضمن به دام انداختن تخصصی ژنوم ویروس، امکان حذف بخش‌های غیر ویروسی از نمونه‌های بالینی را نیز فراهم می‌کند. این کار باعث افزایش میزان ژنوم ویروسی در نمونه می‌شود که به نوبه خود حساسیت و کارایی توالی‌یابی ژنوم را نیز افزایش می‌دهد.
پروفسور Sessions گفت: “اتخاذ گسترده این روش می‌تواند روش کارآمدتری را برای به دست آوردن اطلاعات ویروسی جدا شده از بیماران آلوده ارائه دهد. حتی می‌توان آن‌ها را به توالی‌یاب‌های ژنومی کوچک (به اندازه تلفن همراه) و قابل‌حمل تبدیل کرد که به راحتی در دسترس بوده و برای توالی‌یابی‌های کامل ژنوم ویروس‌ها مورد استفاده قرار می‌گیرند.”
