عدم اعتماد به توالی‌یابی اگزوم
یافته‌های یک پژوهش بین‌المللی که توسط محققان آمریکایی انجام شده است نشان از آن دارد که انجام آزمایش گران‌قیمت توالی یابی کل اگزوم، ممکن است آن‌چنان هم که قبلاً تصور می‌شد، به شناسایی کامل بخش‌های معیوب ژنوم منتهی نشود.
به گفته کارشناسان مرکز پزشکی دانشگاه تگزاس جنوب غربی(UTSW)، کودکانی که تحت روش‌های توالی یابی ژنتیکی کلی و گران‌قیمت قرار می‌گیرند، ممکن است آن نتیجه‌ای را که والدینشان در خصوص آنالیز کامل و سرتاسری DNA دارند، به دست نیاورند. بررسی آزمایش‌های بالینی انجام‌شده در سه آزمایشگاه مهم و معتبر ایالات متحده نشان می‌دهد که روش توالی یابی سرتاسری اگزوم، در بسیاری از موارد نتوانسته است به تجزیه و تحلیل قطعات بزرگی از DNA بپردازد. این موضوع، یک نقص بالقوه مهم و جدی به شمار می‌آید که می‌تواند پزشکان را از پیش‌بینی و تشخیص دقیق اختلالات ژنتیکی خاص نظیر صرع و سرطان محروم نماید.
محققان UTSW با تجزیه و تحلیل مجدد این نمونه‌های ژنومی نشان دادند که آزمایشگاه‌های مورد اشاره، به‌طور متوسط تنها کمتر از سه‌چهارم ژن‌ها در نمونه‌های ژنوم را به‌قدر کافی پوشش داده بودند (آزمایشگاه اول: تنها 34 درصد، آزمایشگاه دوم: 66 و آزمایشگاه سوم: 69 درصد) و این موضوع، بدون شک شکاف عمیقی را در توانایی‌های روش‌های فوق برای تشخیص اختلالات خاص نشان می‌دهد.
مجریان پژوهش فوق می‌گویند انجام این مطالعه به این دلیل بوده است که آن‌ها باور داشتند اختلافات گسترده‌ای در کیفیت آزمایش‌های مربوط به توالی یابی ژنتیکی بالینی وجود دارد که هنوز به‌خوبی مستند نشده و با پزشکان به اشتراک گذاشته نشده است.
دراین‌باره، جیسون پارک، دانشیار پاتولوژی در دانشگاه UTSW می‌گوید: “بسیاری از پزشکانی که این آزمایش‌ها را سفارش می‌دهند، از چنین اتفاقی بی‌اطلاع هستند. به‌علاوه، بسیاری از بیماران، کودکانی مبتلابه اختلالات عصبی هستند و بدون شک، والدین آن‌ها انتظار دارند که کامل‌ترین آزمایش تشخیصی ممکن روی فرزندانشان انجام شود. طبعاً این بیماران نمی‌دانند روش توالی یابی کل اگزوم، ممکن است در یافتن بخش‌های معیوب DNA که در یک تست ژنتیکی هدفمندتر می‌توانند یافت شوند، موفق نباشد.”
توالی یابی کامل اگزوم، تکنیکی برای تجزیه و تحلیل ژن‌های تولیدکننده پروتئین است که امروزه به‌طور فزاینده‌ای در روند مراقبت‌های بهداشتی و به‌منظور شناسایی جهش‌های ژنتیکی مولد بیماری، نه‌تنها در کودکان بلکه در بزرگسالان مبتلابه بیماری‌های نادر یا تشخیص داده نشده استفاده می‌گردد. بااین‌حال، به گفته پارک، فرآیند تجزیه و تحلیل کامل 18،000 ژن در اگزوم اساساً امری دشوار و نیازمند نظارت است چرا که حدود نیمی از این آزمایش‌ها، هیچ جهشی را تشخیص نمی‌دهند.
در بررسی‌های این پژوهش مشخص شد در تمام نمونه‌های ارزیابی شده، تنها کمتر از 1.5 درصد ژن‌ها به‌طور کامل مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفته بودند. همچنین بررسی نمونه‌های یکی از آزمایشگاه‌ها نشان داد که 28 درصد از ژن‌ها، هرگز به‌طور مناسب مورد بررسی قرار نمی‌گرفتند و فقط 5 درصد ژن‌ها، همیشه تحت پوشش بوده‌اند. بررسی یک آزمایشگاه دیگر نیز حاکی از آن بود که آزمایشگاه فوق، صرفاً 27 درصد از ژن‌ها را به‌طور مداوم پوشش می‌داد.
طبق یافته‌های این پژوهش، شانس تشخیص یک اختلال صرع از هر یک از 36 آزمایش متفاوتی که در این آزمایشگاه‌ها انجام شده است، متفاوت بوده و بستگی به آن داشته که کدام ژن‌ها مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفته‌اند. برای مثال، در یک آزمایشگاه، چندین آزمایش توالی یابی کل اگزوم انجام شد که بیش از سه‌چهارم ژن‌های مرتبط با صرع را به‌طور کامل بررسی کرده بودند. این در حالی است که در همان آزمایشگاه، سه نمونه دیگر از بیماران وجود داشت که برای آن‌ها، کمتر از 40 درصد ژن‌ها مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفته بودند. این مقدار در یک آزمایشگاه دیگر، کمتر از 20 درصد بود.
به گفته محققان فوق، شاید انتظار این‌که در چنین آزمایش‌هایی، تمام 18000 ژن مورد نظر، تحت پوشش آنالیز قرار گیرند، دور از واقعیت باشد. ولی می‌توان انتظار پوشش 90 درصد به بالا را داشت.
بر این اساس، دانشمندان مرکز پزشکی دانشگاه تگزاس جنوب غربی امیدوار هستند که این یافته‌ها باعث شود پزشکان، پرسش گری بیشتری را در خصوص میزان پوشش ژن‌ها در این آزمایش‌ها و همچنین دقت لحاظ شده در آن‌ها داشته باشند. به‌علاوه آن‌ها از پزشکان خواسته‌اند که قبل از سفارش چنین آزمایش‌هایی، بررسی‌های بیشتری را انجام دهند تا مطمئن شوند آیا روش توالی یابی کل اگزوم بهترین روش برای تشخیص بیماری است یا خیر.
گفتنی است نتایج این مطالعه جدید در نشریه معتبر Clinical Chemistry منتشر شده‌اند.
