توالی یابی

تشابه سلول‌های میزبان در پاسخ‌دهی به عفونت آنفولانزا به کمک توالی‌یابی RNA

سلول‌های بافت‌های آلوده به آنفولانزا، پاسخ های عمومی مشابهی به عفونت دارند، اما یک مطالعه توالی‌یابی RNA تک سلولی، تفاوت‌هایی را نیز بین سلول‌های آلوده و شاهد کشف کرده است.


یک تیم از پژوهشگران به سرپرستی دانشگاه تل آویو، ویژگی‌های ترانسکریپتوم های میزبان و ویروس را در سلول های تکی که از ریه های موش های آلوده و سالم جداسازی شده بودند، مشخص کردند. همانطور که در Cell Systems گزارش شده است، ایریت گاتویکس، و همکارانش دریافتند که طیفی از انواع سلول و اغلب در سطوح پایین، به این ویروس آلوده می‌شوند. این در حالی است که سلول های مخاطی گرایش دارند بار ویروسی بیشتری را تحمل کنند.

آن ها دو پاسخ رونویسی را به عفونت کشف و سپس دریافتند که یکی از آن ها میان سلول های مخاطی آلوده و شاهد تفاوت دارد. این پژوهشگران همچنین اشاره کردند که این تفاوت می‌تواند برای مشخص کردن سلول های آلوده استفاده شده و منجر به رویکردهای درمانی جدیدی شود.

گاتویکس و همکارانش در مقاله ای اظهار کرده‌اند: «نتایج ما راه جدیدی را به مداخلات هدفمند به ویژه بر روی سلول‌های آلوده بازکرده و نشان دهنده اصول تعاملات ویروس و میزبان که در آنفولانزا و احتمالا دیگر عوامل بیماریزا رخ می‌دهند، است.»

این محققین سلول های ایمنی و غیرایمنی را از ریه موش ها دور روز پس از آلوده شدن به آنفولانزا جداسازی کردند. آن ها بیش از ۴۰۰۰ سلول جداسازی شده از موش های آلوده و غیرآلوده را با استفاده از رویکرد توالی یابی RNA تک سلولی MARS-seq (روشی که همه ی mRNAهای چند آدنینی ‌شده را مشخص می‌سازد)، آنالیز کردند.

دسته بندی سلول‌ها بر اساس ترنسکریپتوم ، منجر به ایجاد ۹ گروه عمده شد که عبارتند از: چهار گروه از سلول های غیرایمنی، مانند سلول های مخاطی و فیبروبلاست ها؛ و پنج نوع ویژه از سلول های ایمنی، مانند سلول‌های B و سلول‌های T.

پژوهشگران  mRNA که خود ویروس آنفولانزا چند آدنینی نیز است را از درون سلول ضبط کرده و با استفاده از میزان mRNA ویروسی به عنوان یک راهنما، سلول ها را به سه گروه تقسیم کردند: ۱. سلول‌های آلوده با بار ویروسی بالا؛  ۲. سلول های شاهد بدون هیچگونه بار ویروسی که از یک موش آلوده گرفته شده‌اند؛ ۳. سلول های گرفته شده از موش‌های غیرآلوده که در معرض عفونت قرار نگرفته‌اند.

آن‌ها اشاره کرده‌اند که در این فرآیند مقدار قابل توجهی از هر یک از ۹ سلول آلوده شده‌اند، اما سلول های مخاطی از آن جا که بیشترین درصد سلول های آلوده را داشتند (۶۲ درصد) عفونت زیادی را تحمل نموده‌اند.

همچنین محققین برای هر یک از ۹ نوع سلول بررسی کردند که آیا میان ژن‌ها بین سلول‌های درمان شده و شاهد تفاوتی وجود دارد یا خیر. این بررسی نشان داد که ۴۵۰ ژن در حداقل یک نوع از سلول ها به صورت متفاوتی بیان می‌شوند. آن‌ها پس از دسته بندی این ژن‌ها به یک ماژول ۱۰۱ ژنی رسیدند که در حین عفونت در سلول های ایمنی و غیرایمنی همواره سطح بالایی دارند. آن‌ها گزارش داده‌اند که اکثر ژن‌ها در این ماژول ، به عنوان ژن‌های تحریک شده با IFN شناخته می‌شوند . پژوهشگران ادعا کرده‌اند که این امر نشان دهنده بخشی از پاسخ عمومی نوع ۱ این ماژول ، مستقل از نوع سلول، به IFN است.

تهایتاً، این محققین ۷ ژن رمزگذاری شده در میتوکندری را یافتند که در تقریبا ترکیبی از تمام انواع سلول‌ها سرکوب شده بود. آن‌ها نتیجه گرفتند که این ماژول‌ها با هم، دو بازوی پاسخ سلول میزبان را تشکیل می‌دهند که مستقل از نوع سلول است.

✳ ترجمه: محمد شجاعیه

☑ منبع: GenomeWeb

Rate this post
برچسب‌ها
نمایش بیشتر

نوشته‌های مشابه

دیدگاهتان را بنویسید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *

دکمه بازگشت به بالا
EnglishIran
بستن
بستن