توالی یابی ژنومی در نمونه های کووید-19
مرکز ژنومیکس نوادا در دانشگاه نوادا(NSPHL)، در حال انجام توالی‌یابی ژنومی روی نمونه‌هایی از نوادای شمالی و جنوبی است که آزمایش کووید-19 آن‌ها مثبت بوده است. محققان در سراسر جهان ژنوم‌های ویروسی را برای ایجاد درخت فیلوژنتیک آن به اشتراک می‌گذارند که به پیشرفت علمی در زمینه کووید-19 کمک خواهد کرد. تجزیه و تحلیل ژنومی ممکن است درک محققان از عوامل مرتبط با شدت بیماری را نیز بهبود بخشد. اگرچه شرایط و زمینه‌های ژنتیکی می‌توانند به توضیح اینکه چرا ویروس برخی از بیماران را بیش از دیگران بیمار می‌کند، کمک کند، اما هنوز این سؤال وجود دارد که آیا سویه ویروسی هم می‌تواند به همین خوبی کمک‌کننده باشد یا خیر.
محققان با هدف توالی‌یابی تقریباً 200 نمونه از کل نمونه‌های نوادا، بیش از دوازده نمونه را توالی‌یابی کرده‌اند. قبل از اینکه نمونه‌ها به خارج از مرکز ژنومیکس نوادا فرستاده شوند، با یک فرآیند استخراج RNA، ویروس را غیرفعال می‌کنند و هرگونه شانس عفونت را از بین می‌برند. برای حفظ حریم خصوصی بیمار، به نمونه‌ها یک شماره شناسایی اختصاص می‌یابد.
محققان نتایج توالی‌یابی را در یک بانک اطلاعاتی بین‌المللی ذخیره می‌کنند و تیم UNR Med مطالعه و آنالیز بیشتر روی آن‌ها را انجام می‌دهند. پروفسور Cyprian Rossetto، گفت: “ما سابقه‌ای طولانی در توالی‌یابی ویروس‌ها در UNR داریم و تجهیزات و تخصص‌های اضافی، ظرفیت بیش‌تری در این زمینه ایجاد کرده‌اند.” تیم UNR روش مستقیم‌تری برای تعیین توالی نسل بعد، از نمونه استخراج شده از بیمار ابداع کرده است. در صورتی که در برخی آزمایشگاه‌ها ابتدا باید نمونه کشت داده شود.
با استفاده از این روش نوآورانه، محققان از یک کیت برای تقویت مقادیر بسیار کمی از RNA استفاده می‌کنند و به دنبال آن غنی‌سازی توالی اختصاصی کوروناویروس انجام می‌شود تا به افراد، امکان مطالعه جزئیات بیشتر ژنوم را بدهد. این یک روش قوی برای طیف وسیعی از سوآب‌های بینی یا دهانی است که از بیماران گرفته می‌شود.
فرایند تولید شامل ایجاد سوآب‌های آزمایشی چاپی سه بعدی و تولید کشت انتقال ویروس (VTM) برای تکمیل کیت آزمایشگاهی است. این روند به نوادا کمک کرده است که بالاتر از میانگین کشوری تست در هر 100000 نفر باشد. علاوه بر مجموعه کیت‌های نمونه، NSPHL در حال آماده‌سازی برای شروع آزمایش محدود آنتی‌بادی در هفته‌های آینده است. محققان UNR Med با انجام توالی‌یابی ژنومی روی نمونه‌های کووید-19 به عمیق‌تر شدن دانش علمی در مورد ویروس و تأثیر آن بر جمعیت بیمار کمک می‌کنند.
به گفته یکی از مدیران مرکز آزمایشگاهی اصلی دانشگاه: “احتمالاً بزرگ‌ترین مزیت این کار این است که بدانیم چه گونه‌های ویروسی در شمال و جنوب نوادا وجود دارند. ژنوم کروناویروس می‌تواند دچار جهش شود، از این رو با در اختیار داشتن داده‌های صحیح، می‌توانیم مطالعات اپیدمیولوژیکی انجام دهیم تا به چگونگی شیوع ویروس پی ببریم.”
