روش‌های بافت‌برداری مایع

ایده‌ی به کارگیری آزمایش خون یا ادرار برای یافتن نشانه‌هایی که به تشخیص و یا درمان بیماری کمک کند، بسیار نویدبخش است. اما علی‌رغم پیشرفت‌هایی در فناوری که امکان بررسی قطعات کوچک RNA را برای محققین فراهم ساخته، وجود مشکلی عمده در این حوزه به موفقیت محدودی انجامیده است.


مونیش تِواری در این باره می‌گوید: «افراد مختلف از روش‌های متفاوتی برای توالی‌یابی RNAهای کوچک استفاده می‌کنند وگاهی اوقات به نتایج ناهمسانی نیز دست پیدا می‌یابند. اگر این روند به همین شکل ادامه پیدا کند، پیشرفت در این زمینه سخت خواهد شد.»

آزمایشگاه تواری روی مجموعه‌ای متشکل از ۹ آزمایشگاه در سراسر ایالات متحده و هلند نظارت دارد که به همت مؤسسه‌ی ملی سلامت گرد هم آمده و در جست‌وجوی راه حلی برای این مشکل می‌باشند.

این کنسرسیوم، ۹ روش مختلف برای توالی‌یابی RNA را مورد بررسی قرار داده تا بهترین روش برای توالی‌یابی RNAهای کوچک را درک و استانداردسازی نماید. هدف از این کار، ایجاد فرآیندی بوده که بتوان نتایج آن را از یک آزمایشگاه به آزمایشگاه دیگر تکرار نمود.

بافت‌برداری مایع به طور عمده بر توانایی توالی‌یابی RNAهای کوچک، مانند microRNA، متکی است. این قطعات درون‌سلولی کوچک می‌توانند در بیماری‌هایی همچون سرطان تغییر پیدا کنند، که نشانه‌ای برای کمک به تشخیص بیماری در اولین مراحل آن فراهم می‌کند. با این وجود، خون یا ادرار تنها مقدار اندکی RNA به صورت خارج سلولی در بر دارد که این موضوع موجب به چالش کشیده شدن توالی‌یابی گردیده است.

توری توضیح می‌دهد: «بافت‌برداری مایع مبتنی بر RNA، رشته‌ا‌ی جدید و هیجان‌انگیز در حوزه‌ی تشخیص است. اما این رشته به دلیل چالش در روش‌های متفاوتی که منجر به ارائه‌ی نتایج تکرارناپذیر می‌شود، به چنین کنسرسیومی نیاز داشت که گرد هم آیند.» او هم‌چنین خاطر نشان کرد که قدرت این کار در گرد هم‌آوری متخصصین مختلف است؛ از متخصصین زیست‌شناسی مولکولی گرفته تا متخصصین محاسبات و بیوانفورماتیک.

محققان در این مطالعه، که نتایجش در ژورنال Nature Biotechnology منتشر گردیده، نمونه‌هایی را به طور یکسان تهیه کرده و آن‌ها را جهت تجزیه و تحلیل به هر یک از ۹ آزمایشگاه در سراسر کشور ارسال نمودند.

هر آزمایشگاه، چندین پروتکل آزمایش را برای توالی‌یابی ۴ نمونه‌ی مختلف، که شامل یک نمونه پلاسما و سه نمونه RNA مصنوعی می‌شد، مورد استفاده قرار داد. پژوهشگران در مجموع، ۹ پروتکل توالی‌یابی مختلف را مورد آزمایش قرار دادند. این پروتکل‌ها شامل ۴ کیت موجود در بازار و ۵ نمونه پروتکل طراحی شده توسط آزمایشگاه بود. داده‌های حاصل از ترکیب این پروتکل‌ها بیش از ۵ میلیارد روخوانی را از توالی‌ها به دست آورد.

نویسنده‌ی اول این مقاله، ماریا دی جیرالدز، اذعان داشت: «ما متوجه شدیم نه تنها روش‌های مختلف نتایج متفاوتی ارائه می‌دهند، بلکه هر تغییر کوچک در یک پروتکل مشخص می‌تواند به حصول میزان قابل توجهی از تغییرها ختم شود. به منظور مقایسه‌ی‌ نتایج در سراسر آزمایشگا‌ها، استفاده از یک پروتکل مشترک و به شدت استانداردسازی شده، حائز اهمیت می‌باشد».

محققان دریافتند که روش‌های مختلف مورد استفاده برای توالی‌یابی، به ارائه‌ی برآوردهای متفاوت، و عمدتاً نادرست، از میزان فراوانی هر یک از نشانگرهای منحصربه‌فرد می‌انجامد. روش‌های توسعه یافته توسط آزمایشگاه‌های کنسرسیوم دقت این برآوردها را بهبود می‌بخشد.

 با این که توالی‌یابی RNA برای مقایسه‌ی مقادیر نسبی microRNAهای منحصربه‌فرد، بین نمونه‌های مختلف مورد استفاده قرار گرفت، تمام روش‌ها برآوردهای دقیق و تکرارپذیری را ارائه نمودند.

رایان اسپنگلر، نویسنده‌ی مقاله، در این مورد گفت: «ما دریافتیم که در صورت به کارگیری یک پروتکل مشابه در چندین آزمایشگاه متفاوت، تغییرپذیری زیادی مشاهده نخواهد شد. این بدین معنی است که چنان‌چه تمایل به هماهنگ کردن یک مطالعه بین آزمایشگاه‎های مختلف داشته باشید، نکته‌ی کلیدی حفظ پروتکل یکسان است، حال این پروتکل هر چه که می‌خواهد باشد.»

ترجمه: محمد شجاعی

منبع: Nature Biotechnology

بارگذاری نوشته های مرتبط بیشتر
مطالب بیشتر از این نویسنده علی چوپانی
بارگذاری بیشتر در توالی یابی

دیدگاهتان را بنویسید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *

بررسی کنید

معرفی برترین مقالات هفته ی اخیر زیست فناوران ایران: جمعه ۲۶ مرداد ۱۳۹۷

معرفی برترین مقالات زیست فناوری هر هفته در سایت زیست فن، مقالات بیوتکنولوژی پزشکی، بیوتکنو…